提取基因組 DNA 是生命科學(xué)和應(yīng)用測(cè)試實(shí)驗(yàn)室中常見(jiàn)的實(shí)驗(yàn)流程，尤其在基因分型測(cè)試、測(cè)序和臨床研究等下游應(yīng)用中，對(duì) DNA 的質(zhì)量和純凈度要求十分嚴(yán)格。

本期將為大家介紹，結(jié)合 MACHEREY NAGEL 公司的 NucleoMag^? Tissue 試劑盒，使用 Opentrons Flex^? 核酸提取工作站提供基于磁珠的快速基因組 DNA 純化解決方案。該試劑盒設(shè)計(jì)精簡(jiǎn)，適用于 96 孔板模式，可為 PCR、NGS 或其他酶反應(yīng)提供高質(zhì)量、高純凈度的 DNA 模板。而 Opentrons Flex^? 核酸提取工作站則可高效純化 HeLa 細(xì)胞基因組DNA。該工作站配備了 Opentrons Flex^?環(huán)形磁力架、加熱振蕩模塊，以及 5-1000 μL 單通道和 8 通道移液器，還可選擇 96 通道移液器，適用于各種樣本類型提取 DNA，包括其他真核細(xì)胞或組織。

Opentrons Protocol Library 中提供了 Opentrons Flex^? 核酸提取工作站與 NucleoMag^? Tissue 試劑盒結(jié)合使用的協(xié)議，用戶可直接下載使用。

應(yīng)用優(yōu)勢(shì)

操作方法經(jīng)過(guò)驗(yàn)證，確保全自動(dòng)提取純化過(guò)程準(zhǔn)確性。

產(chǎn)量和純度重復(fù)性好，可穩(wěn)定回收基因組 DNA。

處理能力強(qiáng)，最多可同時(shí)處理 96 個(gè)樣品。

NucleoMag^? Tissue 試劑盒的原理是基于核酸在特定結(jié)合條件下可逆吸附到 NucleoMag B-beads 上。在處理高達(dá) 20 mg 的組織樣本或 1x10^6 個(gè) 細(xì)胞時(shí)，首先加入蛋白酶 K 和裂解緩沖液 T1，然后通過(guò)加入緩沖液 MB2 促進(jìn)核酸與磁珠的可逆結(jié)合。隨后，在磁珠吸附后，使用洗滌緩沖液 MB3 和 MB4 進(jìn)行洗滌，以去除鹽和其他雜質(zhì)。接著進(jìn)行干燥步驟或進(jìn)行 MB5 洗滌，最后使用洗脫緩沖液 MB6 將 DNA 洗脫下來(lái)。該過(guò)程中所有的移液和磁珠純化步驟都由 Opentrons Flex? 完成。

應(yīng)用數(shù)據(jù)

從 HeLa 細(xì)胞中提取 DNA

利用 Opentrons Flex^? 工作站搭配 NucleoMage^? Tissue 試劑盒，從 2.4x10^5 個(gè) HeLa 細(xì)胞中成功提取高純度 DNA。隨后通過(guò) TapeSta-tion 對(duì)純化后的 DNA 進(jìn)行評(píng)估，包括評(píng)估 DNA 完整性(DIN)和片段大小分布(虛擬凝膠成像)，結(jié)果顯示，DNA的平均 DIN 值為 9.0 ± 0.09。這表明 Opentrons Flex^? 工作站與 NucleoMage^? Tissue 試劑盒結(jié)合使用，能夠穩(wěn)定地從 HeLa 細(xì)胞中提取高質(zhì)量的 DNA。

值得信賴的 qPCR 檢測(cè)結(jié)果

通過(guò)進(jìn)行 qPCR 分析(用藍(lán)色條表示)，使用PowerTrack^? SYBR GreenMaster Mix 作為試劑，針對(duì)靶向基因組中 β-2-微球蛋白的 190 bp 區(qū)域，經(jīng)IDT 設(shè)計(jì)引物。據(jù) qPCR 結(jié)果顯示，在所有測(cè)試樣本中都能穩(wěn)定檢測(cè)到擴(kuò)增片段，表明這個(gè)自動(dòng)化核酸純化流程適用于各種常見(jiàn)的基于酶的下游應(yīng)用。這些結(jié)果證明了 Opentrons Flex^? 工作站搭配 NucleoMag^? Tissue 試劑盒提取的 DNA 在 qPCR 檢測(cè)中所表現(xiàn)出的可靠性。