冠狀病毒大流行為生命科學(xué)研究人員提供了前所未有的機(jī)會(huì)。以下 9 種資源可幫助您最大限度地利用這些機(jī)會(huì)。
冠狀病毒大流行改變了生命科學(xué)的格局，消耗了近期的大部分研究機(jī)會(huì)。但它也為研究人員提供了前所未有的合作、創(chuàng)新和創(chuàng)造新知識(shí)的機(jī)會(huì)。

前所未有的機(jī)會(huì)帶來(lái)了前所未有的資源——其中許多資源都是免費(fèi)使用的。從 Slack 頻道到 SOP，這里有 9 種工具可以幫助任何希望建立測(cè)試實(shí)驗(yàn)室、優(yōu)化工作流程或以其他方式參與這個(gè)全球科學(xué)項(xiàng)目的研究人員。

全球 Slack 頻道

來(lái)自全球各地的 13,000 多名研究人員參加了此次討論，這是全球關(guān)于擴(kuò)大 COVID-19 測(cè)試規(guī)模的最大討論。它充滿了協(xié)作討論，涉及從排除 RNA 提取工作流程故障和確定供應(yīng)商到克服樣品和供應(yīng)鏈物流以及向 FDA 申請(qǐng)緊急使用授權(quán)等所有方面。您也可以加入對(duì)話；只需單擊上面的鏈接并發(fā)送電子郵件至 covid-19@opentrons.com 即可獲得 24 小時(shí)邀請(qǐng)。

彈出式檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室藍(lán)圖

創(chuàng)新基因組學(xué)研究所 (IGI) 提供了有關(guān)如何建立 CLIA 認(rèn)證的 SARS-CoV-2 檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室的詳盡指南。IGI 是加州大學(xué)伯克利分校和加州大學(xué)舊金山分校的研究人員團(tuán)隊(duì)，他們組建了一支多元化、跨學(xué)科的團(tuán)隊(duì)，晝夜不停地工作了 3 周，以擴(kuò)大灣區(qū)的冠狀病毒檢測(cè)規(guī)模。他們的指南包括從特定自動(dòng)化工作流程和協(xié)議到人員培訓(xùn)和合規(guī)指南等各方面的提示。

學(xué)術(shù)合作診斷實(shí)驗(yàn)室的標(biāo)準(zhǔn)操作程序 (SOP)

克里克 COVID19 聯(lián)盟提供了有關(guān)他們?nèi)绾卧趯W(xué)術(shù)環(huán)境中與外部合作伙伴一起創(chuàng)建診斷實(shí)驗(yàn)室的分步指南?？死锟?COVID19 聯(lián)盟與倫敦大學(xué)學(xué)院醫(yī)院、衛(wèi)生服務(wù)實(shí)驗(yàn)室 (HSL)、癌癥研究所和弗朗西斯克里克研究所合作，在短短兩周多的時(shí)間內(nèi)創(chuàng)建了這一測(cè)試設(shè)置。他們的可下載指南涵蓋了從實(shí)驗(yàn)室安全信息和 2 類(lèi)樣品滅活指南到 RNA 提取方案和制作自制緩沖液的所有內(nèi)容。

臨床研究測(cè)序測(cè)試平臺(tái)

Broad Institute 開(kāi)放了有關(guān)其針對(duì) SARS-CoV-2 的臨床研究測(cè)序平臺(tái) (CRSP) 的訪問(wèn)權(quán)限。Broad Institute 是麻省理工學(xué)院 (MIT) 和哈佛大學(xué)研究人員之間的合作，它使用他們的平臺(tái)運(yùn)行實(shí)時(shí)逆轉(zhuǎn)錄酶 (RT)-PCR 診斷檢測(cè)。對(duì)于任何尋找測(cè)試設(shè)施的研究人員，Broad Institute 都開(kāi)放了他們的設(shè)施。他們的說(shuō)明包括標(biāo)本收集和運(yùn)輸指南，以及針對(duì)患者和提供者的診斷測(cè)試和檢測(cè)情況說(shuō)明書(shū)的常見(jiàn)問(wèn)題解答。

基因組工程工具

Synthego 為基因組學(xué)研究人員提供了一系列工具，以提高開(kāi)發(fā) COVID-19 診斷和治療的速度和有效性。這些工具包括用于 RNA 收集的定制 Cas13 指南和針對(duì)與 SARS-CoV-2 蛋白相互作用的 330 個(gè)人類(lèi)基因的多陣列 CRISPR sgRNA 基因敲除文庫(kù)。他們的網(wǎng)站上有所有這些工具的鏈接，以及他們用于創(chuàng)建這些工具的已發(fā)布測(cè)試數(shù)據(jù)。

SwabSeq 測(cè)試概念驗(yàn)證

Octant 的 SwabSeq NGS 診斷工作流程概念驗(yàn)證。 Octant 是一家生物技術(shù)公司，使用專有技術(shù)結(jié)合合成生物學(xué)、基因組工程、下一代測(cè)序和計(jì)算工具，創(chuàng)建了一種協(xié)議來(lái)擴(kuò)大基于 COVID19 序列的測(cè)試，該協(xié)議簡(jiǎn)??單、便宜且靈敏。 它被稱為 SwabSeq，他們的實(shí)驗(yàn)室筆記文檔包括從協(xié)議和測(cè)試代碼到數(shù)據(jù)圖表和內(nèi)部筆記本的所有內(nèi)容。

大規(guī)模并行診斷測(cè)定概念驗(yàn)證

賓夕法尼亞州立大學(xué)合成生物學(xué)研究員 Howard Salis 的大規(guī)模并行 NGS 診斷測(cè)定概念驗(yàn)證。 Salis 發(fā)表了一份預(yù)印本，詳細(xì)介紹了大規(guī)模并行診斷測(cè)定 (MPDA) 如何利用下一代測(cè)序在一次測(cè)定中同時(shí)進(jìn)行數(shù)千次病毒 RNA 測(cè)量，并在每個(gè)工作流程中處理多達(dá) 19,200 個(gè)患者樣本。他的預(yù)印本詳細(xì)介紹了他的工作流程，結(jié)合了病毒 RNA 提取、使用具有獨(dú)特條形碼的患者特異性引物的逆轉(zhuǎn)錄酶 (RT) 以及單池聚合酶鏈反應(yīng) (PCR)，然后進(jìn)行下一代測(cè)序 (NGS)。

移動(dòng)測(cè)試實(shí)驗(yàn)室

OpenCell 的大量藍(lán)圖、協(xié)議和其他資源。OpenCell 是一家為生物技術(shù)初創(chuàng)公司提供移動(dòng)、經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的集裝箱實(shí)驗(yàn)室空間的公司，在英國(guó)測(cè)試領(lǐng)域處于領(lǐng)先地位，正在迅速擴(kuò)展高通量測(cè)試