1月份的增長率遠(yuǎn)低于一些專家建議的10%。 現(xiàn)在，官員們的目標(biāo)是實施更強(qiáng)有力的計劃。

最近幾周，紐約市平均每天新增 5,000 多例新冠病毒病例。 圖片來源：James Estrin/The New York Times

在紐約市，盡管有許多大型醫(yī)院和研究機(jī)構(gòu)，但上個月平均每天只有約 55 例冠狀病毒病例得到測序和篩查更具傳染性的變種。

這僅占該市新增病例的 1%，這一比率遠(yuǎn)低于一些專家所說的 10%，因為在出??現(xiàn)更具傳染性的變種（包括一些可能削弱現(xiàn)有病毒變種的情況）的情況下，需要了解紐約的流行病動態(tài)。疫苗導(dǎo)致英國、巴西和南非病例激增。

博士表示，到 2 月底，紐約市衛(wèi)生官員希望制定更強(qiáng)有力的監(jiān)測計劃，其中包括對約 10% 的新病毒病例進(jìn)行基因組測序，即檢查遺傳物質(zhì)是否存在突變。杰·瓦爾瑪 (Jay Varma)，市政廳高級公共衛(wèi)生顧問。

Varma 博士說，最近幾周平均每天新增病例超過 5,000 例，這可以很好地了解紐約存在哪些變種以及它們的擴(kuò)散范圍。

但為達(dá)到這一基準(zhǔn)所做的努力突顯出，在疫情爆發(fā)一年后，地方、州和聯(lián)邦官員在調(diào)動資源滿足公共衛(wèi)生需求方面往往進(jìn)展緩慢。

“試圖讓主要專注于人類基因組測序等專門針對癌癥或其他疾病的實驗室將興趣轉(zhuǎn)向病原體研究有時需要付出努力，”他說。

對盡可能多的病毒樣本進(jìn)行基因組測序的能力已經(jīng)存在，分布在城市各處，盡管它在很大程度上尚未得到開發(fā)。

紐約大學(xué)格羅斯曼醫(yī)學(xué)院的阿德里安娜·赫吉教授說：“每個機(jī)構(gòu)都在做自己的事情?！彼膱F(tuán)隊每周對大約 96 個樣本進(jìn)行測序，去年的研究幫助確定紐約的疫情是通過歐洲而不是中國傳播的。

據(jù)報道，在過去的幾周里，市政廳助手一直要求全市的一些研究科學(xué)家和實驗室主任承諾對比迄今為止更多的冠狀病毒樣本進(jìn)行測序，并將結(jié)果上傳到在線數(shù)據(jù)庫。去采訪。周一，單個實驗室對 90 多個病例進(jìn)行了測序，數(shù)量顯著增加。

“如果沒有總體架構(gòu)，科學(xué)界就無法真正組織起來，”赫吉教授說。 “這座城市現(xiàn)在確實正在努力組織這次活動，這是正確的做法?！?/p>

直到最近，人們還預(yù)計隨著疫苗接種的進(jìn)行，冠狀病毒病例將會減少。但公共衛(wèi)生專家和紐約大學(xué)的一個建模團(tuán)隊表示，如果其中一種傳染性更強(qiáng)的變種開始在紐約市廣泛傳播，可能會引發(fā)新一波病例，從而掩蓋紐約仍在抗擊的第二波病例。

目前尚不清楚紐約正走在哪條軌道上，或者正在走向哪條軌道，這很大程度上是因為缺乏基因組監(jiān)測。新變種可能開始在紐約站穩(wěn)腳跟，也可能不會：發(fā)現(xiàn)這一點只需要對足夠多的新病毒病例進(jìn)行定期測序即可。

根據(jù)紐約市衛(wèi)生部門提供的數(shù)據(jù)，其中一個變種首先在英國發(fā)現(xiàn)，被稱為 B.1.1.7，1 月份在紐約市的 13 例病例中檢測到。據(jù)該部門稱，這些樣本是從該市 1,703 個樣本中鑒定出來的，這些樣本已于 1 月份進(jìn)行了測序。

應(yīng)該對多少百分比的病毒病例進(jìn)行測序仍是一個有爭議的問題。英國目前正在對高達(dá) 10% 的新病例進(jìn)行測序，而幾周前美國的這一比例遠(yuǎn)低于 1%。

“我認(rèn)為，我們應(yīng)該做到 10% 到 15%，”Heguy 教授說。

Varma 博士表示，該市 10% 的目標(biāo)來自于英國在快速識別該變種并追蹤其傳播方面的成功。

憑借其主要的學(xué)術(shù)醫(yī)療中心和研究機(jī)構(gòu)，紐約的測序機(jī)器數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)多于檢查每個陽性病例的冠狀病毒基因組所需的數(shù)量（如果有人愿意這樣做的話）。

“我們的機(jī)器可以處理數(shù)千或數(shù)十萬個數(shù)據(jù)，”曼哈頓下城紐約基因組中心實驗室的科學(xué)家內(nèi)維爾·桑賈納博士說。 “所以容量并不是問題?！?/p>

奇怪的是，在一場可能感染了超過四分之一紐約人的大流行中，研究實驗室面臨的問題是獲取樣本。在紐約，沒有大量的陽性病毒樣本從醫(yī)院或檢測點輸送到研究實驗室來進(jìn)行基因監(jiān)測。

桑賈納博士說：“這實際上只是組織樣本收集，我認(rèn)為這就是所缺少的?！彼难芯可婕皩ふ夷男┧幬锟梢酝ㄟ^抑制冠狀病毒劫持的人類基因來阻止感染。

科學(xué)家在采訪中表示，城市或其他實體所需要的是從根本上將當(dāng)前的冠狀病毒檢測過程分開。每天，數(shù)以萬計的紐約人提供拭子樣本，這些樣本通常會被送往幾個大型實驗室進(jìn)行檢測。如果這些實驗室可以留出一部分樣本，那么如果結(jié)果呈陽性，這些部分稍后可以用于基因組測序。

“這是可以解決的，但需要資源和人員協(xié)調(diào)，”赫吉教授說道，她列出了必要的步驟： 需要保留一部分原始樣本；需要從中分離出RNA；有人需要將 RNA 樣本運(yùn)送到進(jìn)行基因組測序的實驗室。

該市將測序范圍擴(kuò)大至少十倍的目標(biāo)將需要招募一系列大大小小的外部實驗室和研究項目。該市預(yù)計，最大部分的基因組測序?qū)⒃诨屎髤^(qū)長島市的一個實驗室進(jìn)行，該實驗室由一家小型機(jī)器人公司運(yùn)營。

Opentrons 公司還在曼哈頓運(yùn)營著一個名為流行病應(yīng)對實驗室的設(shè)施。該實驗室于去年建成，旨在幫助該市解決夏季出現(xiàn)的檢測危機(jī)，當(dāng)時大型商業(yè)實驗室正在努力應(yīng)對激增的病例量。人們不得不等待幾天，有時甚至一兩周才能得到冠狀病毒檢測結(jié)果。該實驗室現(xiàn)在每天測試 20,000 個樣本。

Opentrons 聯(lián)合創(chuàng)始人威爾·卡尼恩 (Will Canine) 表示，快遞員會定期將流行病應(yīng)對實驗室制備的 RNA 樣本運(yùn)送到該公司位于皇后區(qū)的工廠，在那里對樣本進(jìn)行測序。

公司官員表示，該實驗室的目標(biāo)是在 2 月中旬之前每周對多達(dá) 2,000 個陽性樣本進(jìn)行測序，每個測序樣本的費(fèi)用將低于該市 75 美元。

此外，該市還鼓勵一系列其他機(jī)構(gòu)，包括一些醫(yī)院、醫(yī)學(xué)院和研究機(jī)構(gòu)，對更多樣本進(jìn)行測序。

很少有地方能像紐約基因組中心那樣擁有如此大的容量，該中心經(jīng)常使用數(shù)十臺機(jī)器進(jìn)行研究項目，這些項目可能涉及對許多人的基因組進(jìn)行測序，以尋找某種疾病背后的特定基因。

鑒于人類基因組長約 100,000 倍，對冠狀病毒基因組進(jìn)行測序是一項小得多的任務(wù)。

基因組中心的一位科學(xué)家邁克爾·佐迪表示，該中心正在努力克服障礙，例如獲取樣本以及如何為測序機(jī)快速準(zhǔn)備大量樣本。

“目前，我們?nèi)栽诜e極嘗試擴(kuò)大規(guī)模，”他說。

該市監(jiān)控工作的第一個也是最令人驚訝的新增內(nèi)容之一是洛克菲勒大學(xué)去年開設(shè)的日托中心，以使科學(xué)家能夠重返工作崗位。

該大學(xué)是曼哈頓上東區(qū)的一所生物醫(yī)學(xué)研究機(jī)構(gòu)，其教職人員中有五位諾貝爾獎獲得者，一個世紀(jì)前就深入?yún)⑴c了 1918 年流感大流行的應(yīng)對工作。因此，日托中心在科學(xué)研究中發(fā)揮作用也許并不令人意外。

那里的科學(xué)家一直在研究一種高靈敏度唾液測試，這使得對經(jīng)常拒絕鼻拭子的嬰兒和幼兒進(jìn)行測試變得更加容易。最近，該大學(xué)已開始對陽性冠狀病毒病例進(jìn)行測序，看看孩子是否可能感染了一種傳染性更強(qiáng)的變種。

在某種程度上，每天送來的嬰兒和幼兒已經(jīng)成為整個城市的哨兵。

“我們剛剛開始這樣做，”洛克菲勒大學(xué)的羅伯特·達(dá)內(nèi)爾博士上周表示。 “到目前為止，我們已經(jīng)對大約 15 個進(jìn)行了測序?！?/p>

約瑟夫·戈德斯坦 (Joseph Goldstein) 負(fù)責(zé)紐約的醫(yī)療保健業(yè)務(wù)，此前他在地鐵服務(wù)臺從事了多年的刑事司法和警方報告。 他還花了一年時間在《泰晤士報》喀布爾分社報道阿富汗問題。